壓縮機是食品冷藏庫更重要的設備，關系到整個食品冷藏庫制冷系統的正常運行。因此，壓縮機控制單元也是食品冷藏庫工藝控制的重點。壓縮機自身的安全保護有壓力保護、溫度保護、油壓差保護、斷水保護和電動機保護等。一般情況下，壓力、溫度、油壓差保護等在制造時廠家已配套設置，使用時注意做到正確連接。其電氣控制主要是電動機保護和斷水保護等。在計算機控制中對壓縮機的控制也更為關鍵。通過對壓縮機、蒸發器風機、液位，溫度等控制，結合顯示、監視，記錄等可實現對食品冷藏庫的控制。
在冷庫制冷系統自動控制后，由計算機控制，調用各控制單元、功能模塊，可實現全部過程的自動控制。為此，需設計食品冷藏庫控制程序。其控制程序應包括定時采樣，庫溫控制模塊、壓縮機控制模塊、綜合功能模塊及故障處理模塊等等。計算機控制系統優熱在于突破了傳統控制模式，發展成以裝置整體為對象，考慮到運行中各個參數之間的關聯和影響的多參數綜合控制，因此容易實現過程更優化控制。
食品冷藏庫的自動化還應包括進出貨物的自動化。實現自動化進出貨物的冷庫，一般采用特殊的起重機 ,如巷道堆垛起重機，沿軌道水平和垂直運動，向貨架堆裝或從貨架提取貨物，并和輸送機進行貨物進出庫的自動化操作，操作人員無須進入是哦冷藏庫內，大大改善了勞動條件。采用計算機實行冷庫庫溫管理、倉儲管理各種機械設備的運行控制、指令記憶和故障管理。
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